Los orígenes de Santo Tomé se remontan al año 1632, cuando fué fundada por primera vez, en la Provincia de Tapé, actual Río Grande Do Sul.
Este asentamiento no duró mucho debido al constante asedio de los mamelucos paulistas que atacaban los poblados en busca de esclavos. En 1683, los jesuitas se instalaron en el mismo lugar que ocupa la ciudad de Santo Tomé. Luego, en el año 1817 el poblado fue incendiado por el General Chagas, al mando de tropas portuguesas.
Recién el 27 de agosto de 1863, la ciudad de Santo Tomé, es refundada oficialmente.
