La región era habitada por pueblos nativos pertenecientes a parcialidades charrúas y también por guaraníes, que habían llegado a la zona desde el norte. Hasta su expulsión, los jesuitas desarrollaron en la zona tareas de evangelización con las comunidades aborígenes.
Villa Libertad es el primer ensayo orgánico de colonización del Gobierno Nacional, una especie de colonia piloto, cuyo éxito inducirá a establecer otros centros agrícolas del mismo tipo en diversos puntos del país.
Con la Ley 1.875, del 28 de Mayo de 1872, se creó la Villa Libertad, precursora de la población de Chajarí, para promover la colonización y la radicación de familias inmigrantes. La inmigración provino sobre todo de Italia y fue fomentada por el Gobierno Nacional a partir de 1876, con la oferta de lotes para su explotación. Leonidas Echague, gobernador de Entre Ríos, promovió esta inmigración y es así que con familias provenientes de Venecia, Lombardía, Trento, el Alto Adige y Friuli, se comenzó la población del sitio.
En 1889, se instaló el primer Gobierno Municipal. En 1934, cambió el nombre de Libertad por el de su estación de ferrocarril, Chajarí. En 1942, su municipio fue declarado de primera categoría.
Chajarí está inmerso en el tipo de clima subtropical. En verano presenta el tiempo muy caluroso durante la mayor parte del día, siendo sus noches templadas; la temperatura máxima durante esta época del año es de 42º C siendo la media de 27º C. El invierno es suave con temperaturas que oscilan entre los 20º y los 7º C.. Uno de los principales atractivos de Chajarí es el Balneario Camping de la ciudad que cuenta con toda la infraestructura necesaria en un predio de 17 has a la vera del lago Salto Grande para realizar campamentismo.
Cuenta con un excelente complejo termal, ubicado sobre la Ruta Nac. Nº 14 con aguas de surgencia propia a una temperatura de 40.3º C con importantes propiedades terapéuticas.
Conocida como la "Ciudad de Amigos". Posee una población de 30.000 habitantes aproximadamente. Hay establecimientos de empaque de fruta de exportación, quintas, etc. Por este motivo esta considerada la "Capital Provincial de la Citricultura". Además de fabricantes de chacinados y afines, que están incorporándose al circuito turístico. Dicha localidad tiene un sin fin de atractivos entre los que se destacan: el Parque Termal Chajarí, el Balneario - Camping "Ciudad de Chajarí", el Museo Regional "Camila Quiroga", la Estación del Ferrocarril, la Parroquia Santa Rosa de Lima
